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Cada vez se da más importancia a la modulación de la microbiota intestinal mediante el empleo de probióticos, prebióticos y simbióticos para tratar diversas enfermedades, principalmente gastrointestinales (como diferentes tipos de diarreas, como la asociada a los antibióticos o la del viajero); trastornos funcionales como el síntoma del intestino irritable, o procesos inflamatorios como la colitis ulcerosa. Además, se usan con éxito en diversas patologías de la mujer, como la vulvovaginitis, y se ha valorado su efecto en las alergias, como la dermatitis atópica, así como la prevención de infecciones.

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